長崎出島ハーバーは長崎市の中心部に位置するゲストバースを備えた公共ハーバーです。
目の前に出島ワーフの飲食店街（クラブハウスもこの中にあり）があり、すぐ傍には大型商業施設の「夢彩都」、長崎県立美術館、面積6.5haに及び海浜公園（長崎水辺の森公園）があります。
クルージングでは１日圏内に平戸・九十九島・五島列島・軍艦島（端島）・高島・島原半島・天草があり少し足を延ばせば壱岐・国境の島対馬・甑（こしき）列島もあります。世界遺産候補に挙がっている「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」の教会めぐりにも便利な場所にあります。
クルージングではありませんが、同じく世界遺産に推薦が決定した「明治日本の産業革命遺産　九州・山口と関連地域」の三菱造船所内のジャイアント・カンチレバークレーンが港を隔てて1,000ｍの距離にあり、絶好のビューポイントになっています。同じく産業革命遺産のなかで特に人気のある「軍艦島」（正式名称：端島）への上陸クルーズも徒歩３分のところにある長崎フェリーターミナルから乗船が可能です。
また、陸上交通の便もよく、長崎空港からの高速バスのターミナルから徒歩8分、JR長崎駅から徒歩15分、また車でお越しの方は長崎道出島道路出口より2分となっております。